小儿疖疮及痱子：用藿香正气水、注射用水各10毫升，混合一起，备用，用生理盐水冲洗消毒疖疮及痱子局部，然后涂擦此药，每日3～4次，1周后即可治愈。

湿疹：每日用温水清洗患处后，直接用藿香正气水外涂患处，天天3～5次，连用3～5天。

头癣、手足癣、灰指甲：医学认为头癣、手足癣、灰指甲皮肤癣、灰指甲由皮肤癣菌感染引起，夏季常易复发，而组成藿香正气水的藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效。用藿香正气水涂擦患处，每日1～2次，也可每日多擦几次。5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效。

晕车晕船：乘坐车、船前，可用药棉蘸取藿香正气水敷于肚脐内，也可在乘车前5分钟口服一支藿香正气水(儿童酌减)，可预防晕车晕船。

外阴瘙痒：用藿香正气水10毫升，凉开水500毫升，混合后清洗外阴，男女皆可应用。

蚊虫叮咬：藿香正气水还可治蚊虫叮咬，涂药半小时左右瘙痒可减轻或消失。