企业收到个人所得税代征手续费，应计入营业外支出科目核算。

根据国家税务总局国税《个人所得税代扣代缴暂行办法》第十七条规定：“对扣缴义务人按照所扣缴的税款，应付百分之二的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。