1、组织制度体系缺陷：明末农民起义爆发的表面原因在于商品经济的急剧发展和剥削程度的急剧加重，农民和地主之间的矛盾，社会各阶层和封建统治者之间的矛盾，加派激化矛盾，而其深层次矛盾则在于明朝中后期的制度体系—宦官和赋税制度。

2、军制的败坏：屯田制中的军屯制度到后来弊端暴露无遗，首先是克扣粮饷，明后期，将领克扣士卒粮饷是一个极其普遍的现象，他们用脧削所得，过着糜烂生活，向兵部官员、监视太监和纪功御史等人行贿，营求升迁或开脱罪责，其次是军队的屯田多被军官、豪强和内监占夺，使军队失去粮食的来源，决定了霸占军田的人同士卒的矛盾激化，平时摩擦甚多。

3、税收严苛和土地兼并：明中期以后，国家财政的破产和赋税的加派，不断提取太仓银两供自己享用，甚至把外库的藏银输入户部，导致国家财政内外交困，面临破产。并且为了应付日益增多的军费开支，朝廷不断地加派赋税，明朝统治阶级在全国范围内以征矿税为名，派遣了大量矿税监，鱼肉人民，加重百姓负担，加速了阶级矛盾激化。