阿坝县地势由西北向东南倾斜。西北年波也则山平均海拔4900米以上，境内最高峰5154米，终年积雪；北以鹅持下仍山为天然屏障；东南部查理乡境内有阿依拉山；北部和东部是广阔的高原浅丘草地；西部和中部为深丘状草地，逐渐向南部高山峡谷林区过渡；高度由海拔5141朱递减到2936米。