金针菇不熟吃了会造成身体不适，新鲜金针菇中含秋水仙碱，人体食用后容易因氧化而产生有毒的二秋水仙碱，对身体有强烈的刺激作用。

秋水仙碱易溶于水，充分加热后可以被破坏，所以食用鲜金针菇前，应在冷水中浸泡2小时；烹饪时把要金针菇煮软煮熟(大概10分钟左右），使秋水仙碱遇热分解；凉拌时，除了用冷水浸泡，还要用沸水焯一下，让它熟透。

另外，市场上出售的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用。