上海海事大学交通运输专业主要培养具有运筹学、管理学、交通运输组织学等方面知识，能在国家及省、市交通运输管理部门、航运、港口等交通运输企事业单位，从事交通运输组织、指挥决策、规划设计、生产与经营管理的高级技术人才。此专业属交通部重点学科，并具有博士和硕士授予权。此专业的学生将受到交通运输技术管理、商务管理、信息管理的基本训练，具有运用运输技术设备、合理组织运输生产以获得最佳社会和经济效益的基本能力，并在航运与港口管理领域具有专长。学生毕业后，主要从事国际航运与港口企业、国际物流及供应链企业、货运代理公司，水运设计与科研单位，以及其他交通运输企事业单位的设计、规划、经营与管理工作。

专业涉及的主要课程有：运筹学、管理学原理、计量经济学、管理决策理论与方法、港航工程与规划、港口管理信息系统、港口装卸工艺、港口生产组织与管理、港口物流、港口系统仿真、船舶原理与设计、国际航运管理等。