故事发生在距今并不遥远的二十一世纪中期，主角林肯和几百个伙伴生活在一个类似于乌托邦的地下社会中，在他们周围是先进的精密仪器，有条不紊的生活节奏和高效智能的防御系统，虽然终日不见天日，但根据基地科学家的描述，在他们的头上，整个星球已经被核战彻底地污染，已经没有任何生物能够在那里生存，乌托邦的生活虽然一切井井有条，但自然和自由更令人向往，所有基地的居民都盼望著一个抽签的机会，幸运者将会被送到最后一个未被污染的地方，一个的世外桃源，由于基地管理者的疏忽，一只外面世界的飞蛾飞进了这座封闭已久的地下城市，它的出现令林肯疑窦顿生，因为按照基地管理者的说法，所有的生物都在核战中灭绝了，在飞蛾的带领下，林肯来到了基地的中心，在那里他看到自己从前被选中前往的朋友斯塔克威泽，但展现在面前的并非描述中的美丽，基地的科学家正为他施行手术，他的器官被取出送出基地，至此林肯终于明白，自己的生活其实一个巨大的谎言，他们都是被克隆组织控制的克隆人，他们存在的意义只是为本体提供新鲜健康的器官。得以真相的林肯逃离基地，进入他们从未涉足的现实生活之中，他要前往洛杉基找到自己的本体，解开关于自己身世的最后的秘密，但此时国家特工和基地组织的杀手已经将他们锁定为最危险的目标，一场猎杀和抗争，追逐与逃脱的斗争已经拉开了序幕。