三方协议和灵活就业区别：签就业协议书用于单位能够保管档案等，毕业时由单位接收档案、户口等材料，并进行管理；而灵活就业方式就业，户口和档案转回原籍。

三方协议在毕业生到单位报到（凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》）、用人单位正式接收后自行终止。