用16SRNA坚定菌种主要原因：1、16SRNA的比较保守，与原始物种的RNA 形似度最高。16SRNA保守程度高，意为在不同生物间从真核到原核大多均有都有16SRNA存在。

2、16SRNA有重要且恒定的生理功能，在细胞中含有较大量的易于提取的16SRNA。

3、16SRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移而是稳定。

4、16SRNA分子量适中，且信息量较大且易于分析。