咳嗽：在初期会出现咳嗽少痰的症状，之后机会变成比较顽固的剧烈咳嗽，并且还伴随着少量的黏液样痰，尤其是在夜间咳得很厉害，有点像百日咳。婴幼儿表现出喘憋和呼吸困难。其中约3%-10%可以发展成支原体肺炎。有的患儿无明显的咳嗽，而以高热、寒战和咽痛症状为主。

其他器官病变：肺炎支原体还会引起其他系统和器官的病变，如麻疹样皮疹、肌痛、游走性关节疼痛、肝功能损害、溶血性贫血、脑膜脑炎、心肌炎、心包炎、肾炎等。