原因可能有以下几点：

1、没有设置预收账款的中小企业，可能因预收货款等原因形成应收账款的负数余额。如果经常发生预收款业务，应设置预收账款科目进行核算；如果不经常发生预收款业务，可以在应收账款中暂时挂账；

2、货已发出、货款已收到暂时没有开发票的销售收入，应尽快开发票处理；

3、记账时出现串户等原因造成。发现串户时应及时更正。