股票质押合同生效问题需要注意的有：

1、股票出质后，不得转让，但经出质人与质权人协商同意的可以转让；

2、禁止出质人在股票出质后将其股票转让给他人，但并不绝对；

3、上市公司与非上市公司的股票质押合同生效方式不一样。

【法律依据】

根据《最高人民法院关于适用<华人民共和国担保法>干问题的解释》第一百零三条，以股份有限公司的股份出质的，适用《中华人民共和国公司法》有关股份转让的规定。

以上市公司的股份出质的，质押合同自股份出质向证券登记机构办理出质登记之日起生效。

以非上市公司的股份出质的，质押合同自股份出质记载于股东名册之日起生效。