质谱仪的主要组成之一，实现样品离子化的区域。由电离室、离子束的加速场、聚焦透镜等构成。它的作用是使被分析物电离，变成分子离子或碎片离子。离子源的种类很多，主要有电子电离源、化学电离源、射频火花源、电感耦合等离子体离子源、场致电离源、场解吸电离源、快原子轰击源、激光解吸电离源、热喷雾电离源、电喷雾电离源等。