办理商标转让流程是，双方首先订立转让协议，共同向商标局提出申请，经审查后予以公告，核发转让证明。

《商标法》第四十二条规定，转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议，并共同向商标局提出申请。受让人应当保证使用该注册商标的商品质量。转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有商标专用权。