方法一：瘘管切开术。适用于瘘管属括约肌间型或经括约肌型的较浅部分的肛瘘，切开后只损伤一部分内括约肌或外括约肌皮下部及浅部，不会引起术后肛门失禁。

方法二：挂线疗法。是一种缓慢切开法，利用橡皮筋的机械压迫作用，使结扎处组织逐渐压迫坏死，在对瘘管表面组织的切割过程中，基底创面同时逐渐愈合，结扎线可作为瘘管引流物，使瘘道内渗液排出，防止肛瘘急性感染发生，此种方法最大的优点是肛管括约肌被逐渐切开，但又不致因收缩过多而位置改变，一般不会造成肛门失禁，在操作上也是极为简单的，而且，其所产生的痛苦，也是微乎其微的，是目前最常用的一种方式。

方法三：肛瘘切除术。适用于低位单纯性肛瘘，切开瘘管后将瘘管壁全部切除至健康组织，并使创面内小外大，一般不予缝合。