杨凌职业技术学院的二级学院有：水利工程、建筑工程、交通与测绘工程、机电工程、电子与信息工程、经济与贸易、旅游与管理、生物工程、生态环境工程、药物工程、动物工程、公共课教学部等12个系部和继续教育与培训学院。

专业有：生物技术及应用、水利水电建筑工程、园林工程技术、畜牧兽医、建筑工程技术、机电设备运行与维护、生物制药、经济管理、旅游管理等52个高职专业。