目前已知蓝鲸至少有三个亚种：生活在北大西洋和北太平洋；栖息在南冰洋与印度洋和南太平洋。在印度洋发现的则可能是另一个亚种。 20世纪初，在世界上几乎每一个海域中，蓝鲸的数量是相当多的。在超过40年后，捕鲸者的猎杀使它们几乎灭绝。直到国际社会在1966年开始保护蓝鲸后，蓝鲸的数量才逐渐上升。一份2002年报告估计目前世界上蓝鲸的数量在5000至12000只之间，并分布在至少5个族群中。最近对于侏儒蓝鲸的研究显示这个数字可能是低估了实际的数量。在捕鲸活动开始前，蓝鲸最大的族群是在南极海域，估计大约有239000只。目前在东北太平洋，南极海与印度洋的数量已经比以前要减少非常多。