国际上对益生菌的定义是，只有活的、有足够数量并对宿主有益的微生物菌种才能称之为益生菌。

益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称。

人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有：酪酸梭菌、乳杆菌、双歧杆菌、放线菌、酵母菌等。 目前世界上研究的功能最强大的产品主要是以上各类微生物组成的复合活性益生菌，其广泛应用于生物工程、工农业、食品安全以及生命健康领域。

益生菌是一个适合在低温环境下生存的菌种，2001年3月中国卫生部发布了卫法监发84号，益生菌类保健食品评审规定第十条明确指出：不提倡以液态形式生产益生菌类保健食品活菌产品，因益生菌已经过科学实验认证液态存活非常难，且益生菌怕水，所以消费者在购买益生菌的时候一定要选择冷藏运输，或者在超市冰柜冷藏柜中的益生菌粉状。