柯尔克孜人最初是崇拜图腾。有名的图腾是雪豹和鹿。除此，还信仰“乌买”女神。信奉祖先和天神，他们朝南方祷告，崇拜太阳，认为火星不吉利。到了清代，才转信伊斯兰教，属于正统的逊尼派。柯尔克孜族绝大部分人信仰伊斯兰教。他们早在16世纪中叶就已经开始信奉伊斯兰教了。柯尔克孜人信仰伊斯兰教逊尼派的哈纳菲派。礼拜寺是教徒活动的主要场所。