蛋白质组学的基本技术流程主要为以下四方面：

蛋白质标本的制备及分离：寻找较好的方法尽可能完全地抽提细胞或组织中的全部蛋白质是比较蛋白质组学研究的重要前提。蛋白质图像的差异对比分析：给予双向电泳所获得的凝胶图谱，可用图像分析软件进行分析对比。差异蛋白质肽段鉴定：图像分析显示的不相匹配点及有异常变化匹配点是比较蛋白质组学的兴趣所在。单排之数据库的搜索分析：蛋白质数据库是属性化的数据库，通过搜索蛋白质数据库可分析和确定该蛋白质性质特征，若搜索不到，可能为新蛋白。