赛里木湖湖水淡化的原因主要是：湖西北部水域距离湖西最大的河沟查干果勒较近，低矿化的高山雪水进湖区稀释所致。2010年以来，由于暖湿气候的影响，入湖水量增多，矿化度及主要离子有减小趋势，碳酸盐含量增加指示了湖泊水体淡化，湖泊处于逆向演化阶段。

赛里木湖景区共划分为环湖风光游览区域、草原游牧风情区域、生态景观保育区、天鹅及其它珍稀鸟类栖息地保护区、旅游综合服务区、原生态环境保持区等6个功能区。确定了赛里木湖中央核心部位水体、西海天鹅湿地草甸水体栖息地、查干郭勒冰雪生态探险景区3块特级保护区。