将新鲜的豆腐清洗干净，然后切成小块，准备一个干净的纸箱，在箱子底部铺上一层稻草，再在稻草上铺上层豆腐块，豆腐放完后在上面盖一层稻草，将箱子放在无阳光直晒的通风房间里，放两至五天；接着豆腐会长出白毛似的霉菌，臭豆腐即可做好。

在中国以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地区上的差异，其味道也差异甚大，但具有“闻起来臭、吃起来香”的特点。长沙和南京的臭豆腐相当闻名，台湾、浙江、上海、北京、武汉、玉林等地的臭豆腐也颇有名气。

天津街头多为南京臭豆腐，为灰白豆腐块油炸成金黄色，臭味很淡。南方街头的臭豆腐多以“长沙臭豆腐”为招牌，同样是油炸，但是内部中空且为黑色，臭味更为突出。