1、宗教层面的区别：玛尼堆是佛教的产物，敖包则是萨满教的产物。

2、建筑形式上的区别：玛尼堆是长时间形成的，敖包是一次性建成的。

3、内容上的区别：玛尼堆的石头上多刻有经文，敖包石上很少有经文出现。

4、位置上的区别：玛尼堆的位置随意性非常大，这与藏族转山祈福的习俗有关；敖包的位置多是固定的，有路标的作用。