开票金额大于付款金额，是很常见的事情。主要有几种：

1、开票方优惠，不计零头，但不愿做返利开红票手续。

2、报销人让开票方故意多开，以便 报销时可以虚报账务处理时，应该按实际付款金额入账，发票金额大于付款金额的，不受影响。

发票金额小于付款金额的，应该补足发票。从管理上讲，应该严格审核采购项目金额，杜绝上面所讲的第二种情况发生。