朝天椒留种，应于收获前选取高产田中，植株健壮、果实丰满、品性特征典型的植株，单独收获、晾晒，作为下年度用种。为提高纯度最好单设留种田，要与其它品种的辣椒相距500米以上。需要注意的是，辣椒是常异交自花授粉作物，其天然杂交率10％左右，购卖一次种子可连续使用几年，但长期不换种，不提纯复壮，种子就会退化，产量也就会大幅下降。