商品房和已购公房的区别主要有三个方面，首先从定义上来看，商品房是指在市场经济条件下通过出让的方式，从而取得了土地的使用权，然后开发建设的以市场价出售的房屋，在市场上商品房是允许上市交易的，其中包含新建的商品房以及二手房和存量房等，这些都是通过买卖双方进行交易的，已购公房是指的是单位职工按成本价，标准价或者优惠价购买的原产权属于单位的公共住房，也就是说已购公房是属于某个单位的，然后是以成本、优惠价等优惠政策提供给自己的单位职工，这种产权是属于单位的。从产权上来看，商品房的产权是归购房者所有的而已，已购公房是属于某个单位所有的。从上市交易上来看，已购公房的原产权是单位，如果没有特殊约定，是不可以自由转让的，然后在交易的时候还需要缴纳土地出让金等费用，但是商品房是可以进行自由交易的，是不需要额外缴纳土地出让金的。