南京大学直属于教育部，南京师范大学则直属于江苏省教育厅，两者差别不大。

南京大学，简称南大，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，国家首批双一流、211工程、985工程重点建设高校。1949年由民国时期中国最高学府国立中央大学易名国立南京大学，翌年径称南京大学，沿用至今。

南京师范大学，简称南师大，坐落于六朝古都南京市，由江苏省人民政府和中华人民共和国教育部共建，是国家211工程重点建设高校、国家双一流世界一流学科建设高校，入选国家建设高水平大学公派研究生项目、卓越教师培养计划、卓越法律人才教育培养计划、教育部来华留学示范基地，是中国高等师范教育的发祥地之一。