蛋白酶分子一般成球形，具有调节部位和活性部位，活性部位又含有结合部位和催化部位。酶的活性部位往往位于酶表面的一条疏水裂缝内。

酶是由活细胞产生的具有催化活性和高度选择性的特殊有机物(蛋白质，RNA，DNA)，其中绝大部分酶是蛋白质。按其组成的不同，将蛋白质酶类分成单纯蛋白质和结合蛋白质两大类。例如，大多数水解酶属单纯由蛋白质组成的酶; 黄素单核苷酸酶则属由酶蛋白和辅助因子组成的结合蛋白酶。结合蛋白质中的酶蛋白为蛋白质部分，辅助因子为非蛋白质部分，两者结合成全酶，只有全酶才有催化活性。