每平方米苗床土用微生物菌肥200～300克与苗床土混匀后播种，亩用1～2公斤，与农家肥、化肥或细土混均后沟施、穴施、撒施均可。水稻使用时的基肥、蘖肥、穗肥可代替20%的化肥使用。

有机肥不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。

无机肥，简称化肥。包括氮、磷、钾、复合肥等。它具有成分单纯，含有效成分高，易溶于水，分解快，易被根系吸收等特点，故称“速效性肥料”。

生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。