保持紫薯中的花青素的储藏方法大致有两种，即高温储藏法和低温储藏法。

高温储藏法就是在紫薯入窖后，烧火升温到35至38摄氏度，并保持2至3天，将紫薯的黑斑病、软腐病等病菌杀灭。然后再将温度降至10至14摄氏度低温进行储藏。该法效果很好，但成本较高，操作起来较为麻烦，因此对分户储藏的农户来说，药剂处理的低温储藏法较为合适。采用低温储藏法，首先在紫薯入窖前一周对薯窖进行消毒。可用百分之70的托布津1000倍液，或百分之50的多菌灵800倍液，对窖内进行喷雾消毒。在紫薯收获后，要及时处理，及时入窖。可用百分之70的托布津1000倍液，或百分之50的多菌灵800倍液按1比1比例将紫薯浸湿，再捞出滴干入窖。