参考系平时一般用的是参考物，就是一个物体等等。而坐标系在理科中都有用到，但数学中是最严谨的。高中学的有平面和空间直角坐标系，前一个是两个垂线分别为x轴y轴；后一个就是三条线了。简单点说参考系是物体，而坐标系是图形。

为了说明质点的位置、运动的快慢、方向等，必须选取其坐标系。在参照系中，为确定空间一点的位置，按规定方法选取的有次序的一组数据，这就叫做"坐标"。在某一问题中规定坐标的方法，就是该问题所用的坐标系。坐标系的种类很多，常用的坐标系有:笛卡尔直角坐标系、平面极坐标系、柱面坐标系(或称柱坐标系)和球面坐标系(或称球坐标系)等。中学物理学中常用的坐标系，为直角坐标系，或称为正交坐标系。