胰腺头囊肿的位置在胰管的头部，即胰头，其为胰右端膨大部，在第二腰椎右前方，十二指肠将其环抱，其后有胆总管及两条静脉。

胰管位于胰实质内，其行走与胰的长轴一致，从胰尾经胰体走向胰头，沿途接受许多小叶间导管，最后于十二指肠降部的壁内与胆总管汇合成肝胰壶腹，开口于十二指肠大乳头。在胰头上部有时可见一小管，行于胰管上方，称为副胰管，开口于十二指肠小乳头。