国家级的研究院(所)主要有： 中国科学技术信息研究所、中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所、中国科学院金属研究所、国家体育总局体育科学研究所、中国科学院生物物理研究所、中华人民共和国民政部中国地名研究所、国家发展和改革委员会能源研究所、国家计委产业发展研究所、中国科学院研究院等。

中国科学院研究院在学术界，称其为科学试验的研究机构。是大学之后的进阶教育研究机构，一般设于大学中，以“某大学某研究生院”的形式存在，也有独立设立者；

中国科学技术信息研究所是在敬爱的周总理亲自指示和关怀下于1956年10月成立的，是国家科学技术部直属的国家级公益性科技信息研究机构；

中国科学院金属研究是新中国成立后中国科学院新创建的首批研究所之一，创建者是我国著名的物理冶金学家李薰先生。经老一辈科学家和几代人的不懈努力，金属研究所已经发展成为我国享誉海内外的材料科学与工程研究重要的研究基地。