蛋白质水解的最终产物为多种α-氨基酸。蛋白质消化后的产物是CO2、H2O和尿素。蛋白质燃烧后的产物是CO2、H2O和氮的氧化物，这三者要区分开。

蛋白质水解的分类蛋白水解方式主要有化学水解和酶水解。化学水解是利用强酸强碱水解蛋白，虽然简单价廉，但由于反应条件剧烈，生产过程中氨基酸受损严重，L-氨基酸易转化成D-氨基酸，形成氯丙醇等有毒物质，且难以按规定的水解程度控制水解过程，故较少采用;而生物酶水解是在较温和的条件下进行的，能在一定条件下定位水解分裂蛋白质产生特定的肽，且易于控制水解进程，能够较好的满足肽生产的需要。