哈尔滨工程大学是工信部直属的“国防七校”之一，以“三海一核”（船舶工业、海军装备、深海工程、核动核电）为办学特色，被国家授予“航母建设突出贡献奖”单位。

学校是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“56所研究生院”、“1959年首批20所全国重点大学”、“1978年88所全国重点大学”、“北京高科大学联盟”、“中俄工科大学联盟”之一，入选国家“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“21世纪人才强军计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”，由国防科工委、教育部、海军、黑龙江省四方重点共建。