微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保等诸多领域。

在中国大陆地区的教科书中，将微生物划分为以下8大类：

细菌：一类细胞细短，结构简单，胞壁坚韧，多以二分裂方式繁殖和水生性强的原核生物。放线菌：一类主要成菌丝状生长和以孢子繁殖的陆生性较强的原核生物。病毒：一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的非细胞生物，但是它的生存必须依赖于活细胞。真菌：是一种真核生物。立克次氏体：洛基山斑疹伤寒的独特病原体。支原体：是一类没有细胞壁、高度多形性、能通过滤菌器、可用人工培养基培养增殖的最小原核细胞型微生物。衣原体：是一组极小的，非运动性的，专在细胞内生长的微生物。螺旋体：是一类细长、柔软、弯曲呈螺旋状、运动活泼的原核细胞型微生物。