科目二考试的有效期是三年，理由如下：

申请机动车驾驶证有效期是三年，三年内只要完成所有科目考试即可，驾驶证考试期限根据139号令的规定考驾驶证从报名开始，科目一考试合格以后，有效期是三年时间三年内必须完成所有科目的考试科目一没有考试或者是考试不合格的，报名费长期有效。