原因一：牙齿本身的原因像是蛀牙等可使牙齿呈灰色或不透明的白色，食物残渣如果分解后可表现为棕色或黑色。这时候用银汞合金进行补牙后，使牙本质着色，透过牙釉质可见阴影，也出现黑色。根管治疗的后牙齿，由于缺乏影响也会很容易发黑。

原因二：外部因素着色导致牙齿变黑色素分子只存在于釉质表面的蛋白质层内，通过机械的方法可以去除干净。这种着色一般来源于烟草，茶，咖啡，红酒，浆果，菌斑等。

原因三：内部因素着色导致牙齿变黑最常见为四环素类的抗生素所引起的牙齿变色。这类药物会在牙齿发育钙化过程中影响牙齿组织而造成永久的变色。从母体内的胎儿到8岁的小孩子都会受到这个药物的影响。