鼓楼校区：南京大学鼓楼校区坐落在南京市中心区域，位于鼓楼区，与南京市中心鼓楼广场相邻，汉口路将鼓楼校区划为南园、北园，南园是学生宿舍生活区，北园是教学科研区，面积近八百亩。南京大学鼓楼校区为金陵大学旧址所在地，北园金陵苑一带为中华传统风格建筑群，其中的北大楼已经成为南京大学的标志性建筑。

仙林校区：南京大学仙林新校区是南京大学为创建高水平世界知名大学而建设的国际化新校区，位于南京三大副城之一的仙林大学城，地处九乡河湿地公园，东濒仙林湖，北望栖霞山景区，毗邻多所知名高校，2009年9月正式投入使用。

浦口校区：南京大学浦口校区的建设为南京大学在新世纪的可持续发展提供了广阔的办学空间，它与鼓楼校区形成隔江并峙，协调发展的办学新格局。