射程区别：弹道导弹射程更远，射程8000公里以上。

原理区别：弹道导弹的原理就是和卫星相同，利用火箭发动机将弹头推出大气层，在阻力极小的太空中如卫星一样绕地球高速飞行，在目标上空调整姿态后惯性高速落下，射程远，弹头装药大，拦截难度高，是一种战略导弹。巡航导弹就和飞机一样，尾部带有弹翼，利用发动机和空气动力学，在大气层内依靠燃料和空气飞行和滑行。

制导方式区别：弹道导弹制导方式也经历了几次改变，最初使用无线电制导，但干扰太多，本身命中率就低，受到干扰后，直接失准。之后采用惯性制导，这也是现今最常见的制导方式，命中率较高，最先进的制导方式就是导航系统制导，比如美国的GPS导航系统，命中精度非常高。巡航导弹，一般的反舰导弹，空空导弹，空地导弹和空舰导弹，岸基的防空导弹都是巡航导弹，可以通过计算机通讯控制器和雷达或者电视等通讯制导设备预设路线和修订路线，可控性高，精度好，体积小发射灵活，是一种强力的战术导弹。

飞行方式区别：弹道导弹和巡航导弹的最大区别在于飞行方式，弹道导弹速度快射程远。弹道导弹除一小段在大气层中做有动力飞行并实施制导外，其余时间均沿着只受地球重力作用的椭圆弹道飞行。弹道导弹在起飞阶段必须穿越大气层，但平飞前进阶段则主要是在空气稀少的高空或外层空间，下降阶段（一般距地面80公里左右）再入大气层，此后利用惯性制导攻击目标。目前，世界上只有美国和俄罗斯装备了可实施核打击的战略巡航导弹。美国研制的BGM－109“战斧”多用途巡航导弹是世界上最著名的巡航导弹，时速880公里，最远射程达2500公里。

发射方式区别：弹道导弹陆基井、公路铁路机动、海基潜艇、空基战略轰炸机发射方式。巡航导弹大多采用车载、潜艇、飞机来发射。