宅基地转让协议有效，在没有违反特殊规定时是有效的。违反则无效。一般而言，如果交易双方都是同一集体经济组织内部成员，也没有违反地方有关限制性规定的情形，协议原则上是有效的。如果交易双方不属于同一集体经济组织，在没有特殊规定的前提下，那么协议原则上是无效的。