原因有：

1、孔雀鱼生的小鱼颜色不同是因为孔雀鱼存在正常状态和白子状态。如果是正常的雌孔雀鱼，在不知道雄孔雀鱼的情况下，生出来的小鱼百分之九十五的可能都是正常黑眼睛具有黑色素的小孔雀鱼。

2、如果雌鱼或者雄鱼是白子，那么小鱼里可能有一部分或者全部是白子，白子宝宝全身没有任何黑色素，鱼肉成娇嫩的淡粉色或者淡橙色，眼睛为红色，所以雌鱼即使临产，肚子里的白子宝宝也会成鲜红色或者暗红色并不会像普通那么深，虽然也可以看到眼睛，但是红色的眼睛也不会像黑色的明显，所以一般也是看体型和状态，并且日后比普通孔雀宝宝成活率低。

孔雀鱼：孔雀花鳉，俗名孔雀鱼，也称为凤尾鱼、彩虹花鳉、虹鳉、古比鱼等，是花鳉科花鳉属的一种热带鱼，雌雄鱼的体型和色彩差别较大，成年雄鱼身体瘦小，体长3至4厘米，体色绚烂多彩、体型优美；成年雌鱼体长5厘米左右，其尾柄及尾鳍占全身的三分之一以上，各鳍均较雄鱼的短。