整部影片讲述的是主人公少女希达和少年巴鲁以及海盗、军队、穆斯卡等寻找天空之城拉普达（Laputa）的历险记。

《天空之城》这部动漫不仅仅是一部动漫，宫崎骏所要表现的就是通过这部动漫向我们传达宫崎骏对当今人类生存环境的担忧，同时也是对人类本性的揭露，透过这部动漫，我们能够看到社会生活中存在的很多现实状况。

在影片中，拉普达城出现时已是一座空无一人的废城。人们只能通过巨大的飞行石、不计其数的机器人、堆积如山的财宝来遥想其当年的繁盛。宫崎骏显然无意于着重向观众介绍拉普达文明产生与发展的过程。他仅仅是以这种曾经极度繁盛的文明的最终毁灭来强烈地震撼和冲击每位观众的心灵，从而对现代社会中的芸芸众生提出质问，并最终来思考人类文明应向何处发展的现实问题。