金针菇经过长期选育有白色和黄色两个变种。

白色变种：俗称白色金针菇，色泽纯白，适合鲜食，营养价值高、市场价格也 高，其特点是对温度敏感，在4到10摄氏度出菇。出菇晚，产量多集中在 一、二潮菇；

黄色变种：俗称黄金针菇，色泽金黄，抗逆性强、产量髙， 非常适合鲜食及加工罐头，其特点是适应温度范围较宽，在6到16摄氏度出菇，出菇早，质地脆嫩，菇体对光较敏感。