1、病原菌累积严重，病虫害频发。西瓜连作，上一造种植残留的病原菌，还会继续危害新种植的瓜苗，引起病害的频发，尤其是土传病害的不断发生，例如枯萎病，一旦发病很有可能颗粒无收；

2、土壤变劣板结，影响作物对微量元素及养分吸收。在西瓜种植过程中，农药、无机肥的大量使用，极易造成表土层板结、酸性增高，作物不能正常从土壤中吸收需要的养分，会使植株长势弱，抗病性下降，且农药、无机肥的大量使用，还会降低土壤微生物活性，不利于土壤养分的分解，影响植株对微量元素的吸收。