细菌可以脱离宿主独立生存而病毒不能。所以要想发现病毒化石，必须有宿主。病毒寄生在宿主的有机物质中，在宿主死后很容易分解。而细菌化石大部分为Calcimicrobes，本身可以分泌碳酸钙物质，在适当环境中可以保存下来形成化石。Cyanobacteria可以形成叠层石化石，但是它本身不分泌碳酸钙物质，只是它的席状构造可以捕捉水中的碳酸盐颗粒，进而形成叠层石。