1、真核细胞型微生物：

细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体，胞质内有完整的细胞器，其菌属于此类型微生物；

2、原核细胞型微生物：

细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁，细胞器不很完善，种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌医学搜集整理；

3、非细胞型微生物：

没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖，病毒属于此类型微生物