标记基因是质粒上本来就有的。不是每个质粒DNA分子上都有特殊的标记基因，但一个质粒DNA能有很多个标记基因，因为它有标记基因越多，被检查出来在受体细胞中的几率越大。

标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否。