办理房屋的土地使用权证的程序是：

1、由用地者到市国土资源局地籍科填写土地登记申请书；

2、由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容；

3、由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途权属来源等进行审核；

4、填写土地登记卡、土地归户卡等；

5、申请人凭身份证和土地使用登记收件单，领取土地使用证。

【法律依据】

根据《土地管理法实施条例》规定，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。