专柜版和免税店版的本质区别是免税店是经过海关总署批准经营的店铺，专柜则是个体经营户在合法合规的情况下向工商部门申请经营的商店，免税店向特定对象销售，专柜则是面向所有的消费者。

免税店是指经海关总署批准，由经营单位在中华人民共和国国务院或其授权部门批准的地点设立符合海关监管要求的销售场所和存放免税品的监管仓库，向规定的对象销售、供应免税品的商店。